壮麗と退廃、繁栄と貧窮が運河を隔てて共存する都市リブラシティ。街で続発する不可解な事件を追う刑事ソニアは、ベム、ベラ、ベロという3人の妖怪人間と出会う。事件の容疑者として追われるベムたちだったが、実は彼らは「人間になりたい」という願いから事件を解決し人々を助けていた。リブラシティを裏で操る“見えざる議会”の首魁である妖怪人間ベガと対峙したベムたちは、激しい戦いの末に姿を消す。2年後、ベムの行方を探し続けるソニアは、目撃情報からドラコ・ケミカルという製薬会社にたどり着き、そこでベムに瓜二つの人間ベルム・アイズバーグと出会う。